Испанская инквизиция, возникшая в XIII в., как отголосок современных событий в южной Франции, возрождается с новой силой в конце XV в., получает новую организацию и приобретает огромное политическое значение. Испания представляла наиболее благоприятные условия для развития инквизиции. Многовековая борьба с маврами способствовала развитию в народе религиозного фанатизма, которым с успехом воспользовались водворившиеся здесь доминиканцы. Нехристиан, именно евреев и мавров, было много в местностях, отвоеванных от мавров христианскими королями Пиренейского полуострова. Мавры и усвоившие их образованность евреи являлись наиболее просвещенными, производительными и зажиточными элементами населения. Богатство их внушало зависть народу и представляло соблазн для правительства. Уже в конце XIV в. масса евреев и мавров силою вынуждены были принять христианство, но многие и после того продолжали тайно исповедовать религию отцов.

Систематическое преследование этих подозрительных христиан инквизицией начинается со времени соединения Кастилии и Арагонии в одну монархию, при Изабелле Кастильской и Фердинанде Католике, реорганизовавших инквизиционную систему. Мотивом реорганизации являлся не столько религиозный фанатизм, сколько желание воспользоваться инквизицией для упрочения государственного единства Испании и увеличения государственных доходов, путем конфискации имущества осужденных. Душою новой инквизиции в Испании был духовник Изабеллы, доминиканец Торквемада. В 1478 году была получена булла от Сикста IV, разрешавшая «католическим королям» установление новой инквизиции, а в 1480 г. был учрежден в Севилье первый трибунал ее; деятельность свою он открыл в начале следующего года, а к концу его уже мог похвалиться преданием казни 298 еретиков. Результатом этого была всеобщая паника и целый ряд жалоб на действия трибунала, обращенных к папе, главным образом, со стороны епископов. В ответ на эти жалобы Сикст IV в 1483 г. предписал инквизиторам придерживаться той же строгости по отношению к еретикам, а рассмотрение апелляций на действия инквизиции поручил севильскому apxиeпископу Иньиго Манрикесу. Несколько месяцев спустя, он назначил великим ген. инквизитором Кастилии и Арагонии Торквемаду, который и завершил дело преобразования испанской инквизиции.

Инквизиционный трибунал сперва состоял из председателя, 2 юристов-ассесоров и 3 королевских советников. Эта организация скоро оказалась недостаточной и взамен ее создана была целая система инквизиционных учреждений: центральный инквизиционный совет (так назыв. Consejo de la suprema) и 4 местных трибунала, число которых потом было увеличено до 10. Имущества, конфискованные у еретиков, составляли фонд, из которого черпались средства для содержания инквизиционных трибуналов и который, вместе с тем, служил источником обогащения папской и королевской казны. В 1484 г. Торквемада назначил в Севилье общий съезд всех членов испанских инквизиционных трибуналов, и здесь был выработан кодекс (сперва 28 постановлений; 11 были добавлены поздние), регулировавший инквизиционный процесс.

С тех пор дело очищения Испании от еретиков и нехристиан стало быстро подвигаться вперед, особенно после 1492 г., когда Торквемаде удалось добиться у «католических королей» изгнания из Испании всех евреев. Результаты истребительной деятельности испанской инквизиции при Торквемаде, в период от 1481 г. до 1498 г., выражаются следующими цифрами: около 8 800 человек было сожжено на костре; 90 000 человек подверглось конфискации имущества и церковным наказаниям; кроме того были сожжены изображения, в виде чучел или портретов; 6 500 человек, спасшихся от казни посредством бегства или смерти. В Кастилии инквизиция пользовалась популярностью среди фанатичной толпы, с удовольствием сбегавшейся на аутодафе, а Торквемада до самой смерти встречал всеобщий почет. Но в Арагонии действия инквизиции неоднократно вызывала взрывы народного негодования; во время одного из них Педро Арбуэс, председатель инквизиционного суда в Сарагоссе, не уступавший в жестокости Торквемаде, был убит в церкви, в 1485 г. Преемники Торквемады, Диего-Деса и особенно Хименес, apxиeп. толедский и духовник Изабеллы, закончили дело религиозного объединения Испании.

Несколько лет спустя после завоевания Гранады, мавры подверглись гонениям за веру, несмотря на обеспечение за нами религиозной свободы условиями капитуляционного договора 1492 г. В 1502 г. им было предписано либо креститься, либо оставить Испанию. Часть мавров покинула родину, большинство крестилось; однако, крестившиеся мавры (мориски) не избавились от преследований и, наконец, были изгнаны из Испании Филиппом III, в 1609 г. Изгнание евреев, мавров и морисков, составлявших более 3 миллионов населения, и притом самого образованного трудолюбивого и богатого, повлекло за собою неисчислимые потери для испанского земледелия. промышленности и торговли. В течение 70 лет цифра испанского населения упала с 10 миллионов до 6.

Хименес уничтожил последние остатки епископской оппозиции. Инквизиция введена была во все колонии и местности, зависевшие от Испании; во всех портовых городах установлены были отделения ее, служившие как бы карантином против занесения ереси и гибельно отражавшиеся на испанской торговле. Испанская инквизиция проникла в Нидерланды и Португалию и послужила образцом для итальянских и французских инквизиторов. В Нидерландах она установлена была Карлом V, в 1522 г., и была причиной отпадения северных Нидерландов от Испании, при Филиппе II. В Португалии инквизиция введена была в 1536 г. и отсюда распространилась на португ. колонии в Ост-Индии, где центром её был Гоа.

По образцу испанской инквизиционной системы, в 1542 г. в Риме учреждена была «конгрегация святой инквизиции», власть которой безусловно признана была в герцогствах Миланском и Тосканском; в Неаполитанском королевстве и Венецианской республике действия ее подлежали правительственному контролю. Во Франции Генрих II пытался учредить инквизицию по тому же образцу, а Франциск II, в 1559 г.. перенес функции инквизиционного суда на парламент, где для этого образовано было особое отделение, так наз. сhambres ardentes.

Действия инквизиционного трибунала облекались строгою таинственностью. Целая система шпионства и доносов опутывала всех страшною сетью. Как только обвиненный или заподозренный привлекался к суду инквизицией, начинался предварительный допрос, результаты которого представлялись трибуналу. Если последний находил дело подлежащим своей юрисдикции, — что обыкновенно и случалось, — то доносчики и свидетели снова допрашивались и их показания, вместе со всеми уликами; передавались на рассмотрение доминиканских богословов, так называемых квалификаторов святой инквизиции; если квалификаторы высказывались против обвиняемого, его тотчас же отводили в секретную тюрьму, после чего между узником и внешним миром прекращались всякие сношения. Затем следовали 3 первые аудиенции, во время которых инквизиторы, не объявляя подсудимому пунктов обвинения, старались путем вопросов запутать его в ответах и хитростью исторгнут у него сознание в взводимых на него преступлениях. В случае сознания, он ставился в разряд «раскаивающихся» и мог рассчитывать на снисхождение суда; в случай упорного отрицания вины, обвиняемого, по требованию прокурора, вводили в камеру пыток, и здесь вымогалось у него сознание посредством целого ряда ужасных мук, свидетельствующих о необычайной изобретательности инквизиторов. После пытки измученную жертву снова вводили в аудиенц-залу и только теперь знакомили ее с пунктами обвинения, на которые требовали ответа. Обвиняемого спрашивали, желает ли он защищаться или нет, и, в случае утвердительного ответа, предлагали ему выбрать себе защитника из списка лиц, составленного его же обвинителями. Понятно, что защита при таких условиях была не более как грубым издевательством над жертвой трибунала. По окончании процесса, продолжавшегося нередко несколько месяцев, снова приглашались квалификаторы и давали своё окончательное мнение по данному делу, почти всегда — не в пользу подсудимого. Затем следовал приговор, на который можно было апеллировать к верховному инквизиционному трибуналу или к папе; но апеллировать к «супреме» было бесполезно, так как она не отменяла приговоров инквизиционных судов, а для успеха апелляции в Рим необходимо было заступничество богатых друзей, так как осужденный, ограбленный инквизицией, значительными денежными суммами уже не располагал. Если приговор отменялся, узника освобождали, но без всякого вознаграждения за испытанные муки, унижения и убытки; в противном случае его ожидали санбенито и ауто-да-фе. Кроме религиозного фанатизма и корыстолюбия, мотивом преследования являлась нередко и личная месть отдельных членов трибунала. Раз намеченная жертва уже не могла ускользнуть из рук святого трибунала: ее не могли спасти ни высокое положение в церкви или государстве, ни слава ученого или художника, ни безупречно нравственная жизнь. Перед инквизицией трепетали даже государи. Ее преследований не могли избежать даже такие лица, как испанский архиепископ Карранса, кардинал Чезаре Борджиа и др. Всякое проявление независимой мысли преследовалось, как ересь: это видно на примерах Галилея, Джордано Бруно, Пико делла Мирандола и др.

Особенно гибельным становится влияние инквизиции на умственное развитие Европы в XVI в., когда ей, вместе с иезуитским орденом удалось овладеть цензурой книг. В XVII в. число её жертв значительно уменьшается. XVIII-й в. с его идеями религиозной веротерпимости был временем дальнейшего упадка и наконец полной отмены инквизиции во многих государствах Европы: пытки совершенно устраняются из инквизиционного процесса в Испании, а число смертных казней сокращается до 2 — 3, и даже меньше, в год. В Испании инквизиция уничтожена была указом Жозефа Бонапарта 4 декабря 1808 г. По статистическим данным, собранным в труде Лорьенте, оказывается, что подвергшихся преследованию со стороны испанской инквизиции с 1481 до 1809 г. было 341 021 чел.; из них 31 912 были сожжены лично, 17 659 — in effigie, 291 460 подверглись тюремному заключению и другим наказаниям. В Португалии инквизиция сильно была ограничена в министерство Помбаля, а при Иоанне VI (1818 — 26) совсем уничтожена. Во Франции она уничтожена в 1772 году, в Тоскане и Парме — в 1769 г., в Сицилии — в 1782 г., в Риме — в 1809 г. В 1814 г. инквизиция была восстановлена в Испании Фердинандом Vll; вторично уничтоженная кортесами в 1820 г., она снова на некоторое время возрождается, пока, наконец, в 1834 г. не упраздняется навсегда; имущество ее обращено на погашение государственного долга. В Сардинии инквизиция просуществовала до 1840 г., в Тоскане — до 1852 г.; в Риме инквизиция восстановлена Пием VII в 1814 г

Португальская инквизиция была официально утверждена в 1536 году по просьбе короля Португалии Жуана III.

Однако фактически история португальской инквизиции началась с 1492 года, когда происходил массовый исход в Португалию изгнанных из Испании иудеев и возникла проблема «новых христиан».

Португальская инквизиция, как и испанская, фактически была государственной инквизицией, нежели папской. Хотя правовой основой деятельности государственной инквизиции являлась власть папы.

Когда в 1492 году началось изгнание иудеев из Испании, десятки тысяч из них бежали в Португалию. Король Жуан II открыл португальскую границу испанским иудеям. Каждый, уплативший 8 золотых крусадо, получал право на восьмимесячное пребывание в Португалии. Иудеи же стремились обосноваться на постоянное жительство в стране, где не было ни инквизиции, ни преследований за веру со стороны монарха. Шестьсот богатых семейств, бежавших из Испании, сумели за 60 000 крусадо получить от короны разрешение остаться на постоянное жительство в Португалии.

Массовая иммиграция чужеземцев в страну, население которой не превышало тогда 1 млн человек вызвала антииудейские настроения в самых различных кругах Португалии. Одни требовали их высылки, другие требовали установления инквизиции по образу и подобию испанской. Когда льготный срок пребывания испанских иудеев в Португалии истёк, многие из тех, кто не уехал, были проданы в рабство, а их малолетние дети были высланы на африканский остров Санто-Томе, где большинство из них погибло от непосильного труда и перенесенных лишений.

В 1496 году новый португальский король, Мануэль I, запретил исповедание иудейской религии, приказал закрыть синагоги, сжечь иудейские молитвенники, а иудеям принять католическую веру или немедленно покинуть пределы Португалии. Обратившиеся в католичество иудеи, многие насильственно, стали именоваться «новыми христианами».

В 1505 году в Португалии вновь разразилась эпидемия чумы. Неурожай вызвал голод. В Лиссабоне вспыхнул антииудейский погром. Фанатики грабили и поджигали дома «новых христиан», бросали в костры иудействующих, считая их виновными в постигших страну несчастьях. В течение двух дней в столице погибло от рук погромщиков свыше 3 000 человек, в том числе 600 из них были сожжены.

В 1507 году Мануэль I, стремясь искоренить в стране иудаизм, не нанося при этом ущерба экономике Португалии, отменил все прежние ограничительные законы против «новых христиан» и торжественно обещал «никогда в будущем» не издавать подобных законов. Тем, кто бежал из страны, была обещана амнистия. Насильственно крещённым в 1496 году было вновь обещано в течение 20 лет не преследовать их за невыполнение католических обрядов. В 1512 году этот льготный срок был продлен до 1534 года. Предполагалось, что за эти годы новообращенные успеют привыкнуть к новой религии.

По истечении дарованного королевским эдиктом периода иммунитета в Португалии была учреждена инквизиция.

В 1521 году дон Мануэль скончался и на трон вступил его старший сын — Жуан III. Он был женат на Катарине — сестре испанского короля Карла V, ярого сторонника инквизиции. С ней в Лиссабон прибыли многочисленные доминиканцы. Под влиянием испанских родственников у нового монарха возникла идея учредить инквизицию в Португалии, однако лишь в 1531 году он смог обратиться в Рим за разрешением. Переговоры с папским престолом продолжались несколько месяцев и 17 декабря 1531 года папа Климент VII издал буллу Cum ad nihil magis, учреждавшую инквизицию в Португалии и назначавшую на пост инквизитора францисканца Диогу да Силву. 14 июня 1532 года папская булла была опубликована и начались повальные аресты и массовые конфискации имущества «новых христиан». Однако Диого да Силва неожиданно отказался от поста генерального инквизитора. Король Жуан III вновь обратиться в Рим с просьбой назначить нового генерального инквизитора. Но «новые христиане» собрали большую сумму денег и, снабдив ею своего нового поверенного Дуарте да Паз, направили его в Рим с поручением перекупить папских чиновников и добиться отмены инквизиции, что и было сделано. 17 октября 1532 года Климент VII издал декрета, повелевавший португальской инквизиции временно приостановить свою деятельность и назначавший в Лиссабон нунция с поручением разобраться в её действиях.

Когда Жуан III стал чинить всякие препятствия для въезда нунция в страну, Климент VII опубликовал 7 апреля 1533 года новую буллу Sempiterno Regi, в которой обвинил португальского короля в том, что тот обманным путём, скрыв от папы факт насильственного обращения в христианство иудеев в конце XV в., добился учреждения инквизиции.

В этой же булле папа приказал амнистировать и реабилитировать всех обвиненных инквизицией в иудаизме, узников выпустить на свободу, вернуть им имущество и соответствующие посты. Кроме того, папа создал кардинальскую комиссию, поручив ей подробно разобраться в действиях португальской инквизиции.

В 1534 году умер Климент VII и его место занял Павел III. И теперь к нему португальский король обратился с просьбой о восстановлении инквизиции. Новый папа и кардиналы опять ответили отказом и потребовали выпустить узников инквизиции, что португальские власти и вынуждены были сделать в 1535 году.

Решающее слово в этом споре сказал Карл V, неутомимый поборник инквизиции. В 1536 году его войска заняли Рим. Под нажимом испанского короля Павел III согласился восстановить инквизицию в Лиссабоне. Однако и на этот раз папа не дал полного удовлетворения португальскому королю. Буллой от 23 мая 1536 года Павел III назначил трёх инквизиторов в Португалию в лице епископов Коимбры, Ламегу и Сеуты (которая в тот момент принадлежала Португалии), разрешив королю назначить четвёртого.

Кроме того, было запрещено инквизиции в течение 10 лет конфисковывать имущество её жертв, в течение трех лет ей следовало придерживаться норм светского законодательства, наконец, осужденным давалось право апелляции в верховный совет инквизиции, назначаемый генеральным инквизитором, на пост которого папа утвердил сторонника умеренных действий епископа Сеуты Диогу да Силву, который четырьмя годами ранее отказался от этого поста.

22 октября 1536 года папская булла, учреждавшая инквизицию, была торжественно оглашена в Эворе, где пребывал королевский двор, и инквизиция вновь приступила к своей деятельности. Был опубликован соответствующий эдикт, призывавший население доносить на иудействующих, протестантов и ведьм, гадалок и прочих «прислужниц дьявола». Доносчикам обещались разного рода награды, духовные и мирские. В 1536 году трибуналы инквизиции были учреждены в Лиссабоне, Коимбре и Эворе.

Инквизиция приступила к активной деятельности в 1539 году и в сентябре 1540 провела в Лиссабоне первое в Португалии аутодафе. В архивах Португалии сохранилось более 40 тысяч протоколов судебных разбирательств местной инквизиции, период высшей активности которой приходится на середину следующего столетия.

Число жертв аутодафе стало столь велико, а злоупотребления столь очевидны, что папа Иннокентий XI наложил запрет на деятельность инквизиции в Португалии (декабрь 1678 — август 1681). Но уже в январе 1682 года, почти через полгода после возобновления деятельности инквизиции, последовало аутодафе в Коимбре, а в мае того же года — числом и общественным положением сожжённых самое известное в истории Португалии аутодафе в Лиссабоне. Особые эмиссары португальской инквизиции следили за религиозным поведением португальских марранов за границей; уличенных в соблюдении иудаизма арестовывали и доставляли в страну, чтобы предать суду инквизиции.

Во второй половине XVIII в. активность инквизиции на Пиренейском полуострове значительно сократилась — частично благодаря либерализации общественного сознания, частично — из-за почти полного отсутствия объекта преследования.

В Португалии последнее аутодафе вообще и последнее, в котором фигурировали «тайные евреи» в частности, имело место в октябре 1765 года; формально инквизиция в Португалии была упразднена в марте 1821 года.

Деятельность португальской инквизиции распространялась и на заморские владения.

В португальском Гоа суд инквизиции был учрежден в 1561 году, однако уже до этого там действовали инквизиторы. Первое аутодафе было произведено в 1563 году; из четырех приговоренных к сожжению двое были «тайными евреями». В аутодафе 1575 и 1578 годов были сожжены 17 «тайных евреев». К 1773 году инквизиция в Гоа совершила 82 аутодафе, однако число «тайных евреев» среди осужденных с годами непрерывно уменьшалось, — по всей очевидности, из-за устрашающего эффекта энергичной деятельности местной инквизиции.

Бразилия долгое время служила убежищем для португальских марранов. В 1579 году епископ Салвадора получил прерогативы инквизитора, хотя все арестованные должны были транспортироваться в метрополию. Между 1591 и 1618 Бразилию посетили несколько инквизиционных комиссий, и десятки людей предстали перед ними с покаяниями или доносами. Особой активности инквизиция в Бразилии достигла в середине XVII века после отвоевания страны у голландцев, под властью которых многие «тайные евреи» смогли открыто исповедовать свою веру. Многие из них фигурировали в великом аутодафе в Лиссабоне в 1647 году.

В 1713 году 38 «новых христиан» были отправлены из Рио-де-Жанейро в Португалию, где получили различные наказания, некоторые были сожжены. К концу XVIII века бразильская инквизиция переключилась в основном на преследование франкмасонов и последователей Просвещения. С провозглашением независимости в 1822 году преследования инквизиции в Бразилии прекратились. Условия в португальских колониях в Африке не отличались от существовавших в Бразилии.